1、選擇性加熱。因為水分子對微波吸收，所以含水量高的部份，吸收微波功率多于含水量較低的部份。這就是選擇性加熱的特點，利用這一特點可以做到均勻加熱和均勻殺菌的目的。
2、節(jié)能高效。微波是直接對物料進行作用，因而沒有額外的熱能損失，爐內(nèi)的空氣與相應(yīng)的容器都不會發(fā)熱，所以熱效率極高，生產(chǎn)環(huán)境也明顯改善，與遠紅外加熱相比可節(jié)電30%。 
3、時間短，微波加熱殺菌是使被加熱物體本身成為發(fā)熱體，不需要熱傳導的過程。微波從四面八方穿透物體內(nèi)部里外同時使物體在很短時間內(nèi)達到均勻加熱殺菌，大大縮短了干燥殺菌時間，從而更能提高產(chǎn)量。
4、易于控制，與常規(guī)方法比較,設(shè)備即開即用；沒有熱慣性，操作靈活方便；微波功率可調(diào)，傳輸速度可調(diào)。在微波加熱干燥殺菌中，無廢水、廢氣、廢渣，是一種安全無害的
5、殺菌效果好。實踐證明，利用微波殺菌一般在70℃就可全部殺死大腸桿菌，在80～90℃細菌總數(shù)大大降低，時間只需2～8分鐘。速度快，時間短，因此保留食品中的營養(yǎng)成份、傳統(tǒng)風味。經(jīng)微波殺菌處理的物料，可延長半年保質(zhì)期，對提高產(chǎn)品質(zhì)量及延長儲存周期。