企業(yè)遺失水污染防治乙級資質(zhì)證書時，補(bǔ)辦流程通常涉及以下幾個步驟：

準(zhǔn)備補(bǔ)辦報(bào)告：企業(yè)應(yīng)首先準(zhǔn)備一份資質(zhì)補(bǔ)辦報(bào)告，詳細(xì)說明證書遺失或損壞的原因、時間及具體情況。

填寫申請表格：填寫《建設(shè)工程企業(yè)資質(zhì)證書變更審核表》，并準(zhǔn)備相應(yīng)的電子文檔版本。

刊登遺失聲明：在省級以上（含省級）的全國性建筑行業(yè)報(bào)刊或綜合類報(bào)刊上刊登遺失作廢的聲明。部分地區(qū)可能接受在建設(shè)信息網(wǎng)上發(fā)布聲明的方式。

準(zhǔn)備相關(guān)材料：除了上述報(bào)告和聲明外，還需要準(zhǔn)備企業(yè)法人營業(yè)執(zhí)照副本復(fù)印件、法定代表人身份證明等基礎(chǔ)企業(yè)信息材料。如果是損壞補(bǔ)辦，可能還需要提交損壞的原證書。

提交申請：攜帶所有準(zhǔn)備好的材料到企業(yè)工商注冊所在地的省級建設(shè)行政主管部門提交補(bǔ)辦申請。部分流程可能支持線上提交。

審核與補(bǔ)發(fā)：相關(guān)部門會對提交的材料進(jìn)行審核，審核通過后，會為企業(yè)補(bǔ)發(fā)新的水污染防治乙級資質(zhì)證書。

跟蹤進(jìn)度：提交申請后，企業(yè)應(yīng)主動跟蹤補(bǔ)辦進(jìn)度，必要時與審批機(jī)關(guān)溝通，以便及時獲得新的資質(zhì)證書。

請注意，具體流程可能會隨政策調(diào)整和地方要求有所不同，因此建議在補(bǔ)辦前，先咨詢當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門獲取的補(bǔ)辦指南和要求。